A gestão executiva municipal de Presidente Figueiredo é composta por 18 secretarias, além de empresas públicas e autarquias.

Além disso, a Prefeitura também dispõe de representações na Vila do Pitinga e na Vila de Balbina.

No prédio da prefeitura, além dos gabinetes da prefeita e do vice-prefeito, encontram-se também a Secretaria de Governo, Secretaria de Finanças, Secretaria de Administração e a Procuradoria Geral do Município, Corregedoria do Município e a Secretaria Extraordinária de Articulação Política. As demais secretarias municipais dispõem de prédios específicos.

A administração é composta pelos seguintes órgãos:

• GABINETE DA PREFEITA
• GABINETE DO VICE-PREFEITO
• SECRETARIA DE GOVERNO
• SECRETARIA DE ADMINISTRAÇÃO
• SECRETARIA DE PLANEJAMENTO E FINANÇAS
• SECRETARIA DE EDUCAÇÃO
• SECRETARIA DE SAÚDE
• SECRETARIA DE JUVENTUDE, ESPORTE E LAZER
• SECRETARIA DE TURISMO, EMPREENDEDORISMO E COMÉRCIO
• SECRETARIA DE INFRAESTRUTURA E SERVIÇOS PÚBLICOS
• SECRETARIA DE ASSISTÊNCIA SOCIAL E CIDADANIA
• SECRETARIA DE ORDEM PÚBLICA E INTEGRAÇÃO
• SECRETARIA DE COMANDO (GUARDA MUNICIPAL)
• SECRETARIA DE MEIO AMBIENTE
• SECRETARIA DE CULTURA E EVENTOS
• SECRETARIA DE DESENVOLVIMENTO AGRÍCOLA E PESQUEIRO
• SECRETARIA EXTRAORDINÁRIA DE ARTICULAÇÃO POLÍTICA
• SECRETARIA EXTRAORDINÁRIA DE ATENÇÃO E INTEGRAÇÃO DAS COMUNIDADES
• SECRETARIA EXTRAORDINÁRIA DE POLÍTICAS DAS MULHERES
• SECRETARIA EXTRAORDINÁRIA DE GESTÃO PARTICIPATIVA
• SISPREV – SISTEMA DE PREVIDÊNCIA DOS SERVIDORES PÚBLICOS MUNICIPAIS
• SAAE – SERVIÇO AUTÔNOMO DE ÁGUA E ESGOTO
• EMTU – EMPRESA MUNICIPAL DE TRANSPORTES URBANOS
• PGM – PROCURADORIA GERAL DO MUNICÍPIO